Koszyk Twój koszyk jest pusty ...

Kategorie

Zmiana języka

PolskiAngielski

Waluta

Producenci

? ? ? Indeksowane Adaptery do sekwenatorów NGS IlluminaTM*
Indeksowane Adaptery do sekwenatorów NGS IlluminaTM*

Indeksowane Adaptery do sekwenatorów NGS IlluminaTM*

Stan magazynowy: 0 szt.


Ceny widoczne po zalogowaniu
  • Opis produktu
  • Recenzje produktu (0)
Indeksowane Adaptery do sekwenatorów NGS IlluminaTM*

PentAdaptersTM ? nowej generacji adaptery przeznaczone do przygotowania DNA do sekwencjonownia (NGS) . Zawierają sekwencje ?bar-code? i są gotowe do ligacji z ?A-tail?. Adaptery  pozwalają na multipleksowanie próbek przeznaczonych do sekwencjonowania. Ich działanie zostało zwalidowane z większością dostępnych systemów przygotowania próbek. 

alt
Rys.1 ilustruje indeksowane PentAdaptery. W lewym górnym rogu zaznaczono sekwencje hybrydyzującą  z kapilarą zastosowaną w systemie NGS Illumina*  MiSeq*. Następnie,  miejsce hybrydyzacji uniwersalnego startera. W prawym górnym rogu - region komplementarny do adaptera. W lewym dolnym rogu obrazka  - miejsce wiązania uniwersalnego startera następnie region indeksujący i końcowa reszta fosforanu na końcu 5?.

PentAdaptersTM stanowią nową jakość chemii do sekwencjonowania przygotowane przy użyciu nowej technologii i wyselekcjonowanych rozwiązań pozwoliły osiągnąć wyższą czułość, specyficzność procesu ligacji z sekwencjami docelowymi niż standardowo stosowane.

PentAdaptersTM posiadają 3? T-overhang i grupę fosforanową na 5?-końcu, która odpowiada za bardzo wydajną ligację do sekwencji docelowej. 
Zaproponowane rozwiązania oraz chemia nowej generacji pozwala na przeprowadzenie procesu ligacji w stabilny sposób z wyższą czułością wydajnością niż standardowa oraz możliwością multipleksowania aparatach Illumina takich jak  MiSeq* i HiSeq*.

W trakcie niezależnych badań sprawdzono i porównano PentAdapterTM z adapterami standardowo stosowanymi (I?s). PentAdapters wykazały znaczącą poprawę czułości w porównaniu z klasycznie przygotowanymi adapterami. Uzyskane rezultaty pozwalają na multipleksowanie kilku próbek używając ~10ng DNA jako ilości wyjściowej w reakcji. Wyniki zostały przedstawione przez zespół badaczy z Southern Denmark University.


 
                       PentAdapter?                    Adaptery standardowe
                         
 
 
alt
 



alt
 
Fig. 2: Dane uzyskane po analizie na Agilent's 2100 Expert Bioanalyzer. Rys z lewej: wynik otrzymany przy zastosowaniu PentAdapterTMTMs. Rys z prawej: Wynik uzyskany przy zastosowaniu adapterów standardowych. Dane otrzymano dzięki uprzejmości Ronni Nielsen, University of Southern Denmark.
 
PentAdaptersTM znajdą szczególne zastosowanie w sytuacji kiedy:
  1. Ograniczona jest ilość DNA do sekwencjonowania
  2. Wymagane jest multipleksowanie w celu obniżenia kosztów
  3. Próbka zawiera niewielka ilość DNA i wymagana jest bardzo wysoka czułość oznaczenia
  4. Próbka jest gotowa do ligacji i wymaga bardzo wydajnego systemu.
PentAdaptersTM dostępne w wielu konfiguracjach. Prosimy o przesłanie informacji na temat ilości indeksów wycenę wyślemy w możliwie jak najkrótszym czasie.
Zdjęcie żelu przedstawia znacząco wyższą czułość PentAdaptersTM (ścieżka 1,2,3,4,5,6,7,8 i 10) w porównaniu do adapterów klasycznych (I?s) (ścieżka 9 i 11).

 
 
   

                                                    alt
Rys. 3 Rezultat otrzymany po multipleksowaniu próbek przy użyciu indeksowanych PentAdapterów (ścieżka 1-8 i 10). Dwie próbki przygotowane przy użyciu I?s adapterów innej firmy (ścieżka 9 i 11). Analizę przeprowadzono na Agilent 2100 Expert Bioanalyzer.  DNA przygotowano z ilości poczatkowej 10ng DNA, poźniejszy annealing adapterów 16 cykli PCR. Dane otrzymano dzięki uprzejmości Ronni Nielsen, University of Southern Denmark.
 
Pełna kompatybilność pomiędzy PentAdapterTM i znanymi zestawami do przygotowania próbek do procesu sekwencjonowania.

                                             http://www.pentabase.com/portals/0/Adapters/Gel%20diff%20preps%20www.jpg
Analiza DNA po procesie przygotowania do reakcji sekwencjonowania. Wszystkie ścieżki za wyjątkiem 4 zostały przygotowane przy użyciu cząstek magnetycznych. Ścieżka 4 zawiera DNA oczyszczony przy pomocy preparacji żelowej. Kolejno ścieżka 1: DNA Ladder, ścieżka 2: Illumina DNA prep + adaptery firmy konkurencyjnej, ścieżka 3:  Illumina prep +  PentAdapter, ścieżka 4: Illumina + I?s Adapter (żel), ścieżka 5: Kapa Biosystem DNA prep + PentAdapter, scieżka 6: NEB DNA Prep + custom adapter z PentBase, ścieżka 7: NEB DNA prep+ PentAdapter. 
 
Rozkład PentAdapters? w multipleks NGS.
                                       
Fig. 6: Rozkład 15 różnych indeksowanych PentAdapterów podczas multipleksowej reakcji sekwencjonowania.
PentAdaptersTM zostały dokładnie przetestowane i są w pełni kompatybilne  z systemami Illumina, Kapa Biosystems i New England Biolabs (NEB). Łatwe w zastosowaniu nie wymagają zmiany procedur i metod pracy w laboratorium.



alt
Rys 4. Od próbki do biblioteki NGS. 1 ? fragmentacja DNA sonifikacja lub cięcie enzymami restrykcyjnymi. Przygotowanie końców DNA do ligacji 2A, fosforylacja przy uzyciu kinazy i polimerazy DNA, 2B dodanie na końcu 3? A-tail . Fragment Klenowa przyłącza dAMP do 3'-końca DNA. 3- Ligacja PentAdapterTMTMów przy użyciu Ligazy DNA. Fosforyklacja 5'-końca DNA, PentAdapters?, przygotowanie 3'-końca ?A-tail?  są bardzo istotnymi czynnikami które warunkują efektywność sekwencjonowania. 4- Biblioteka zawierajaca biliony kopii różnych fragmentów DNA jest gotowa do zmieszania z innymi próbkami zawierającymi biliony fragmentów wyznakowanych PentAdapterTMTMami sekwencjonowania

MiSeq* i HiSeq* prawa własności TM marki są w posiadaniu  firmy Illumina San Diego CA, USA


 



 

Nikt jeszcze nie napisał recenzji do tego produktu. Bądź pierwszy i napisz recenzję.

Napisz recenzję

Oprogramowanie sklepu shopgold.pl
Do działania sklepu konieczna jest włączona obsługa Javascript oraz Ciasteczek (cookies).